お客様の声：KUBOTA 遠心機

私は奄美大島と沖縄島に生息するイシカワガエルの保全を目的として研究をしています。イシカワガエルは日本一美しいカエルとして有名で、鹿児島県と沖縄県の天然記念物に指定されています。しかし、同時に環境省レッドリストの絶滅危惧種（IB類）にも指定されていて、保護対策の必要性が叫ばれています。

ところでイシカワガエルの保護と一言でいっても、どれか一つの集団でも残っていれば良いというものではありません。一種類のカエルでも、集団ごとに遺伝的バックグラウンドが異なる場合がある。たとえば同じ島内でも、ある地点と他の地点のイシカワガエルの集団は遺伝的に異なる場合があります。この場合は、それぞれを別グループと考えて保護計画を立てる必要があるのです。


イシカワガエル(両生類研究施設様ご提供)

生物のDNAの中には、マイクロサテライトと呼ばれる同じ塩基配列が繰り返されている領域があります。この領域での、塩基配列の繰り返し回数、長さと言い換えてもいいのですが、これを測定することにより、遺伝的交流のあるなしを見分けることが出来ます。

さらに詳しく言うと、この塩基配列の繰り返し回数を測定するためには、PCRを使ってマイクロサテライト領域を増幅する必要があります。私の現在の実験は、このPCRに用いるプライマーのセットを作ろうとしている段階です。

プライマーを開発するためには、まず一匹のカエルからいくつものDNAの断片を切り出し、DNAシーケンサーにかける必要があります。場合によっては、数百サンプルくらいシーケンシングしなければならないこともあります。このくらい多サンプルになってくると、どうしてもプレートを使って手早く進めたい。そこで御社のプレートスピンⅡを使って、エタノール沈殿をしているわけです。

この遠心力で何の問題もないですね。
私の場合、Applied BiosystemsさんのBigDyeTerminator v3.1 Cycle Sequencing Kitをキットを使っており、そのプロトコルに沿ってエタ沈をしています。念のため、購入前にも御社のデモ機を使ってテストさせてもらいましたが、何の問題もありませんでした。

そのほかの事情としては、部屋に冷却遠心機もあるのですがこれは借り物でして、ロータだけ買うわけにもいかない(笑)。プレートスピンⅡは価格的にも安い(編集注： ロータ込みで220,000円)ので、条件的にちょうど合致したというところです。

私はもともと広島大学の博士課程を卒業してから、神奈川の総合研究大学院大学に1年間いました。そこではプレートをPCRにかけ、カラム精製してからDNAシーケンシングしていました。それでプレートを使うと大量サンプルを楽に扱えるのを知ったのです。広島大学に戻ってからも、何とかプレートを使って実験できないかと考えていました。

ところでカラム精製は工程が少なく、早くできるメリットはあるのですが、お金もかかるというデメリットもあります。ところがプレートのエタノール沈殿であればとても安くできますし、多少工程は増えるものの多サンプル処理には向いている。それで今回は試してみたというわけです。

ひとつ、付け加え忘れました。 先ほど私は、マイクロサテライトを見ることで遺伝的交流のあるなしを調べられると言いましたが、イシカワガエルのような絶滅危惧種の場合、集団によっては個体数が急激に減っているケースがあります。

このような場合、おうおうにして血縁的に近い個体同士が交流していることが多く、その集団の絶滅の危険性は高いといえます。

マイクロサテライトを見ることで、グループの外に対しては遺伝的交流のあるなしを調べることができ、グループの中については、その集団の絶滅の危険度を調べることができる、というわけです。

そうですね、プレートスピンⅡを上から見たときに、時間設定の表示で分設定になっているか、秒設定になっているか、LEDが見にくいことでしょうか。上から見ると、分設定をしているのに秒設定に見えてしまうこともあるんですよね。